Борисоглебский мужской монастырь основан в 1363 г. преподобными Феодором и Павлом, пришедшими из новгородских земель, по благословению преподобного Сергия Радонежского. Согласно «Повести о Борисоглебском монастыре», преподобный Сергий Радонежский сам избрал место для будущей обители. Ростовский князь Константин Васильевич и епископ Ростовский Игнатий дозволили преподобным Феодору и Павлу построить кельи и церковь во имя святых князей Бориса и Глеба.
Когда собралась братия, на вклады ростовской знати были построены Борисоглебский храм, кельи и деревянная крепость, защищавшая северо-восточный путь к Москве. Первый игумен, преподобный Феодор, вскоре назначил своим преемником преподобного Павла и удалился на Белое озеро, где основал Никольский монастырь на Ковже. Перед кончиной он вернулся в обитель и преставился предположительно 22 октября 1410 г. Преподобные Феодор и Павел были погребены в северной части Борисоглебского собора; их мощи находятся под спудом.
Обитель пользовалась особым покровительством великого князя Василия II Васильевича, давшего монастырю первый земельный вклад. В 1433–1434 гг. Василий II, изгнанный с великокняжеского стола князем Юрием Дмитриевичем, укрывался в монастыре. В 1440 г. игумен Питирим крестил здесь будущего великого князя Иоанна III. С 1503 г. до кончины в 1511 г. в обители жил на покое епископ Ростовский Тихон (Малышкин), почитаемый в монастыре как святой.
В XVI–XVII вв. монастырь входил в число крупнейших и богатейших обителей Ростовской митрополии. Несколько раз его посещал Иван IV Грозный; впервые это произошло в 1545 г. В период опричнины монастырь неизменно пользовался благосклонностью царя и получал значительные пожалования. В обители подвизался преподобный Иринарх, затворник Ростовский, проведший в затворе 38 лет. По преданию, он предсказал разорение Москвы польскими войсками и благословил князей Дмитрия Михайловича Пожарского и Михаила Васильевича Скопина-Шуйского на борьбу с интервентами. Тесная келья преподобного Иринарха, в которой подвижник провёл 38 лет в затворе, находилась близ монастырской ограды. В конце 1990-х гг. эта келья была восстановлена.
Первоначально монастырём управляли игумены, с 1688 г. — архимандриты. При учреждении штатов в 1764 г. монастырь был отнесён ко 2-му классу. В начале XX в. в обители жили около 20 человек братии и 40 послушников. С 1901 г. действовали иконописная мастерская и школа для братии. При монастыре с 27 апреля по 4 мая проводилась ежегодная ярмарка, а по понедельникам — еженедельные торги.
Постановлением Борисоглебского волостного исполкома от 6 августа 1924 г. здания монастыря были переданы Ростовскому государственному музею. Из упразднённой обители изымались художественные и письменные памятники; наиболее ценные из них вывозились в Ростов, Ярославль и Москву, а большая часть монастырских икон была уничтожена. Богослужения в храмах продолжались до октября 1928 г. 8 ноября 1928 г. в помещениях бывшего монастыря был открыт краеведческий музей.
В 1989 г. Борисоглебский собор был возвращён Русской Православной Церкви и открыт как приходской храм. Определением Священного Синода Русской Православной Церкви от 24 ноября 1994 г. приход был преобразован в мужской монастырь. К 2003 г. обители были переданы Борисоглебский собор, Благовещенская церковь, Сергиевская надвратная церковь и келья-часовня святого Иринарха. С 1997 г. ежегодно совершается пеший крестный ход к источнику преподобного Иринарха близ с. Кондаково, а с 1998 г. в монастыре проходят ежегодные Всероссийские Иринарховские научно-практические чтения.
Близ монастырской ограды находилась тесная келья преподобного Иринарха, в которой подвижник провёл 38 лет в затворе. В конце 1990-х гг. эта келья была восстановлена. К 2003 г. келья-часовня святого Иринарха была передана монастырю.
Собор святых страстотерпцев Бориса и Глеба
Каменное строительство в монастыре началось в 1522 г. по повелению великого князя Василия III Иоанновича. Его возглавил ростовский мастер Григорий Борисов, которому приписываются все монастырские постройки XVI в. Собор во имя святых страстотерпцев Бориса и Глеба, возведённый в 1522–1524 гг. и освящённый 22 сентября 1524 г., стал первым каменным сооружением обители.
Храм был поставлен на месте деревянного собора, где находились погребения основателей монастыря, преподобных Феодора и Павла. На протяжении столетий внешний вид собора менялся: в XVII в. щелевидные окна были растёсаны и получили прямоугольную форму; в 1778–1780 гг. был надстроен барабан, шлемовидная глава заменена луковичной, а позакомарное покрытие — четырёхскатной кровлей; в начале XIX в. вокруг центральной главы были надстроены четыре главки, снятые в 1920-х гг.; в 1810 г. к западному фасаду пристроили Ильинский придел.
До конца XVIII в. собор не был расписан полностью; в описи 1735 г. упоминался лишь настенный образ святых Бориса и Глеба. Эта фреска XVI в., открытая в 1956 г. в аркосолии северной стены у гробницы преподобных Феодора и Павла, изображает святых князей Бориса и Глеба, преподобных Феодора и Павла, святого князя Владимира и святителя Леонтия Ростовского. В 1783 г. собор был полностью расписан изнутри. В 1911 г. стены и своды храма были расписаны под руководством художника Фёдора Егоровича Егорова.
Церковь Благовещения Пресвятой Богородицы
Тёплая Благовещенская церковь с трапезной была возведена в 1524–1526 гг. как вторая по времени каменная постройка монастыря. Её также связывают с именем Григория Борисова. Церковь была поставлена на месте более раннего деревянного храма.
Внешний вид Благовещенской церкви был существенно изменён в конце XVII в. Тогда были перестроены своды трапезной, сооружён прямоугольный в плане алтарь, а первоначальное покрытие храма заменено четырёхскатным. С западной стороны к трапезной было пристроено богато декорированное крыльцо. К церкви примыкают настоятельские покои, сооружённые в XVI в. и полностью перестроенные в XVII в.
В ходе реставрационных работ 1990-х гг. в храме были найдены фрагменты фресковой композиции «Благовещение», по стилю близкие к росписям XVI–XVII вв. В советское время в Благовещенской церкви и трапезной размещались отделы Борисоглебского районного краеведческого музея. В конце XX – начале XXI в. в храме велись восстановительные работы.
Надвратная церковь преподобного Сергия Радонежского
Одновременно с возведением крепостных стен над южными воротами монастыря была сооружена церковь преподобного Сергия Радонежского. Согласно монастырским архивам, её освящение состоялось 7 сентября 1680 г. В источниках она упоминается как пятиглавая четырёхстолпная надвратная церковь.
Проезды ворот были расписаны в конце XVII в. многофигурными композициями с изображениями Христа и святых. Большая часть этих росписей позднее была утрачена или оказалась в плохом состоянии. В конце XVIII в. церковь была перекрыта четырёхскатной кровлей, а в 1990-х гг. было восстановлено её первоначальное позакомарное покрытие.
Сергиевская церковь входит в единый оборонительный и архитектурный комплекс южных ворот и башен. К 2003 г. она была передана возрождённому монастырю.
Церковь Иоанна Предтечи и звонница
Звонница Борисоглебского монастыря стоит на месте ранее существовавшей деревянной церкви Иоанна Предтечи, о которой упоминают монастырские вкладные книги. Строительство звонницы было завершено после 1680 г., а освящение состоялось 25 октября 1682 г.
К восточной стене сооружения примыкает высокая прямоугольная апсида. Здание имело многоцелевое назначение: в нижнем этаже, в подцерковье, размещалась ризница; над ней находилась небольшая бесстолпная церковь Иоанна Предтечи; в верхнем, третьем ярусе в арочных пролётах собственно звонницы располагались колокола.
Звонница почти без изменений сохранилась до нашего времени, пристроенное к ней крыльцо украшено многоцветными рельефными изразцами.
Надвратная церковь Сретения Господня
В начале 1690-х гг. над Водяными воротами монастыря была возведена Сретенская церковь; её освящение состоялось в 1692 г. В описаниях ансамбля она называется северной надвратной церковью.
Сретенская церковь была построена одновременно с оформлением северных ворот и примыкающей галереи. В конце XVII в. именно здесь завершилось формирование основного архитектурного облика монастыря, который после этого почти не менялся.
Часовня святого Иринарха Затворника
Отдельная часовня Иринарха Затворника у северных ворот, пристроенная к фланкирующей башне Сретенской надвратной церкви, относится приблизительно к 1877–1887 гг. Её сооружение было связано со строительством торговых рядов вдоль северной монастырской стены и с местным почитанием преподобного Иринарха.