Храм при княжеских конюшнях
В конце XVI в. на правом берегу Волги, у берега возле нынешнего теплоходного причала, стояла церковь Собора Богородицы и мучеников Флора и Лавра. Точная дата её постройки неизвестна. Однако храм уже числился при княжеских конюшнях, которые ещё в удельное время были вынесены из Кремля из-за недостатка места.
Посвящение было связано с самим местом: Флор и Лавр почитались как покровители лошадей, поэтому церковь при конюшнях была вполне закономерна. Улица, на которой находились конюшни и храм, называлась Конюшенной. По ней лошадей приводили к князьям, к восточным воротам Кремля, известным как Флоровские.
Деревянная церковь XVII в.
Храм пережил беды и потрясения Смутного времени. В Писцовых книгах 1663 г. вновь упоминается церковь при конюшнях. Это была деревянная шатровая церковь с трапезной и одной главой.
Каменный храм XVIII в.
В 1748–1762 гг. на месте деревянной церкви на средства прихожан был воздвигнут каменный храм. В нём были освящены престолы Воскресения Христова и Собора Богородицы. Приделу Флора и Лавра места не нашлось, однако память об этом посвящении сохранялась: в храме хранилась храмовая икона.
Новый храм был построен в традициях угличской храмовой архитектуры. Его высокий четверик завершался пятиглавием с небольшими куполами на узких барабанах; с востока к нему примыкала пятигранная алтарная апсида, с запада — трапезная, а к паперти примыкало крыльцо с двумя сходами. Окна украшали вытянутые кверху наличники в стиле барокко. В церкви было два этажа: нижний тёплый храм и верхний летний. Особой приметой храма была отдельно стоящая колокольня, напоминавшая соборную колокольню в Кремле.
До революции церковь упоминалась как Воскресенская или Воскресенско-Флоровская. Лишь в XX в. за ней утвердилось название церкви Флора и Лавра.
Закрытие, разрушение и восстановление
В советское время храм разделил судьбу многих церквей. В 1927 г. он был закрыт, в 1930-х гг. лишился куполов, был обезглавлен, утратил отдельно стоящую колокольню, а крыльцо было перестроено. В разные годы в здании размещались различные учреждения, и каждое новое переустройство только увеличивало причинённый урон.
В 2005 г. начались восстановительные работы. 9 октября 2008 г. на четверике были установлены новые купола. В том же году в восстановленном нижнем храме, освящённом в честь мучеников Флора и Лавра, начались богослужения.