Возникновение монастыря и ранняя история места
Иоанно-Богословский, или Никольский Прудицкий, монастырь был основан в 1282 или 1283 г. при князе Романе Угличском. Достоверность этой версии вызывает сомнения, поэтому она может рассматриваться лишь как одно из поздних преданий о начале обители.
Установлено, что монастырь существовал уже в конце XV в. В житии преподобного Паисия Угличского говорится, что на освящении каменного собора Покровского монастыря 1 октября 1482 г. присутствовал настоятель Богословского монастыря игумен Герасим.
Обитель располагалась на юго-западной окраине угличского посада, при выезде на Московскую дорогу, рядом с Троицким ручьём и земляным валом. Эта местность издревле именовалась Сухим прудом: низкий участок весной заливало водой, но большую часть года он оставался сухим.
На рубеже XVI-XVII вв. Прудицкий Богословский монастырь был полностью деревянным. В нём находились храмы во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова, святителя Николая Чудотворца и святых чудотворцев Космы и Дамиана, а также кельи и ограда.
В Смутное время, в период одного из нападений польско-литовских интервентов на Углич, монастырь был захвачен, разорён и сожжён. По летописному сообщению, тогда погибли игумен Мартиниан, 40 человек братии и 300 укрывшихся в обители горожан. После этих событий монастырь не возобновлялся. На его месте была устроена приходская церковь, сохранившая престолы прежних монастырских храмов.
Сухопрудский приход в XVII в.
К 1674-1676 гг. в Сухопрудском приходе уже существовали два деревянных храма с трапезными: летняя церковь Николая Чудотворца с приделом Космы и Дамиана и зимняя тёплая церковь Иоанна Богослова. При них стояла деревянная рубленая колокольня с четырьмя колоколами; вокруг располагалось приходское кладбище, а за Троицким ручьём находилось ещё одно старое кладбище. Храм получал ежегодную царскую ругу.
Каменная церковь XVIII — первой половины XIX в.
В XVIII в. прихожане решили заменить два деревянных храма одной каменной церковью. Строительство началось в 1735 г. и продолжалось более двух десятилетий. В 1758 г. работы завершились. Главный престол новой церкви был освящён во имя Иоанна Богослова, придельный — во имя Николая Чудотворца. Несмотря на это, храм нередко называли Никольским или Николосухопрудским; со временем это название стало официальным.
Первоначальная посадская среда вокруг церкви сохранялась до рубежа XVIII–XIX вв. В 1784 г. для Углича был принят генеральный план, в соответствии с которым город получил регулярную планировку. Рядом с храмом прошли новые улицы, а вокруг него образовалась обширная площадь. С этого времени Сухопрудская церковь оказалась уже не у прежнего выезда на Московскую дорогу, а среди небольших деревянных домов в одном из тихих городских уголков.
8 мая 1822 г. храм сильно пострадал во время большого городского пожара, опустошившего западную часть Углича. По местному преданию, во время этого пожара горящая головня, пробив окно, упала на деревянный постамент старинной иконы Знамения Божией Матери, прожгла его и загасла, не коснувшись самой иконы. Из огня были вынесены и другие святыни, в том числе древний образ Николая Чудотворца, который, по преданию, был сохранён ещё при разорении монастыря в Смутное время и найден на сухом пруду.
В 1839 г. в городе была воздвигнута Сухопрудская колокольня. Облик каменной церкви 1735–1758 гг. известен по описи церковного имущества 1846 г. Это был одноэтажный каменный храм с полуциркульным алтарём и пятиглавием; шестая глава помещалась над алтарём. С храмом соединялась тёплая каменная трапеза с приделом Николая Чудотворца. С западной стороны возвышалась трёхъярусная колокольня с открытым фонарём и главой. Внутри находились иконостасы летнего и зимнего храмов, киоты с иконами и пятиярусное посеребрённое паникадило.
Перестройка и новый храм XIX в.
Старый каменный храм оказался недолговечным, и в середине XIX в. началась его перестройка. Сначала была возведена трапезная — зимний храм, завершённая в 1855 г. В ней устроили два придела: правый — во имя иконы Божией Матери «Знамение», святителя Иоанна Златоуста и преподобного Макария Желтоводского, левый — во имя святителя Николая Чудотворца и святых бессребреников Космы и Дамиана. В ведомости за 1902 г. прямо сказано, что тёплая церковь была построена в 1855 г. тщанием прихожан.
В 1868 г. началось строительство нового летнего храма во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Работы завершились в 1881 г.; 20 сентября того же года храм был освящён. Летняя церковь строилась на церковно-кошельковые средства и пожертвования доброхотных дателей. По имеющимся сведениям, большую часть средств на это строительство пожертвовал угличский купец 1-й гильдии Михаил Александрович Жаренов, долгое время бывший попечителем и старостой храма.
Именно тогда сложился облик здания, известный по описаниям и фотографиям. Храм был кирпичным, большим, четырёхчастным, выстроенным в русско-византийском стиле с элементами классицизма. Его двухсветная храмовая часть завершалась кокошниками и пятиглавием; внутри она была перекрыта сомкнутым сводом на уровне второго яруса. Протяжённая трапезная, вероятно, сохраняла в перестроенном виде части более раннего сооружения. С западной стороны примыкала внушительная трёхъярусная колокольня с элементами неоготики. В храме имелись три престола: во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова; во имя иконы Божией Матери «Знамение», святителя Иоанна Златоуста и преподобного Макария Желтоводского; во имя святителя Николая Чудотворца и бессребреников Космы и Дамиана.
Ещё в июне 1881 г., до окончательного завершения всех работ, храм получил очень высокую оценку при обозрении епархии епископом Ионафаном. Однако отделка продолжалась и позднее. В 1887 г. предполагалось оштукатурить фасады летней церкви и выполнить внутренние росписи; иконостас оставался невызолоченным. По ведомости 1902 г., стенная живопись в тёплом храме была современна времени его устройства, а в летнем храме относилась к 1895 г.
Закрытие, утраты и возвращение
В 1930 г. Николосухопрудская церковь была закрыта. Убранство интерьеров, главы и колокольня были уничтожены; по другим сведениям, были снесены пятиглавие и верхние ярусы колокольни. После закрытия здание использовали для мастерских. В разное время здесь располагались машинно-тракторная станция и различные производственные базы.
С 1978 г. помещение храма занимала производственная база Угличского участка Ярославской специальной научно-реставрационной производственной мастерской. С начала 1980-х гг. в здании и на прилегающей территории размещался Угличский реставрационный участок; до 2017 г. здесь находились гараж и столярная мастерская реставрационного участка.
В 2017 г. здание церкви было возвращено Русской Православной Церкви. В праздничные и воскресные дни в храме совершаются богослужения. Храм сохраняет значение заметной части исторической панорамы юго-западной части Углича и остаётся важным памятником многовековой истории Сухого пруда.