Ямская слобода и первые сведения о церкви
Время первоначального основания Ямской слободы при Переславле неизвестно, однако сама её история связана с большой дорогой, шедшей от Москвы на север, к Ростову, Ярославлю, Вологде и Архангельску. Этот тракт был оживлённым, и для государственных сообщений на нём в XV–XVI вв. должны были возникнуть ямы — станции, где меняли лошадей. Их обслуживали ямщики, обычно селившиеся компактно, в особых ямских слободах.
Несомненные сведения о Ямской слободе относятся уже к XVII в. По переписным книгам 1677 г. здесь числилось 70 дворов ямских охотников, 4 двора половинщиков, 1 двор приказчика, 1 двор ямского дьячка и 1 двор бобыльский. Церковь в слободе существовала уже в начале XVII в. Её главный престол был освящён в честь Пречистой Богородицы Одигитрии. В тех же переписных книгах 1677 г. церковь названа деревянной, с приделом мучеников Флора и Лавра.
Следующий важный этап пришёлся на 1683–1685 гг. В 1683 г. прихожане купили в Переславском Федоровском монастыре готовую церковь, перевезли её в слободу, заново устроили и в 1685 г. освятили. Посвящения престолов при этом сохранились прежние. Так к концу XVII в. в Ямской слободе сложилась устойчивая церковная традиция, связанная и с почитанием Богородицы, и с именами Флора и Лавра.
Каменный храм XIX в. и приходская жизнь
В 1708 г. в Ямской слободе было уже 73 двора. При Петре Великом, когда особенно оживились связи Переславля с Москвой, ямщикам были пожалованы особые пастбищные земли в разных местах. Деревянная церковь сохранялась до начала XIX в., после чего прихожане приступили к строительству нового каменного храма.
В 1815 г. местный священник Григорий Зверев обратился в епархию с прошением о постройке в Ямской слободе каменной церкви. Разрешение было получено, и строительство заняло пять лет. Летом 1820 г. работы завершились, а 12 сентября храм был освящён. Так появился существующий и ныне каменный храм с колокольней. В холодной части был устроен престол в честь Смоленской иконы Божией Матери, в тёплом приделе — во имя мучеников Флора и Лавра.
Храм был достаточно снабжён утварью, ризницей, иконами и богослужебными книгами. Особенно почиталась древняя икона Пресвятой Богородицы «Одигитрия»; в придельном храме находились древняя икона Спаса Нерукотворного и Печерской иконы Божией Матери. Часть икон была украшена жемчугом, на других были серебряные украшения. Один из серебряных священных сосудов был приложен к храму няней Петра I Натальей Взимковой, впоследствии монахиней Феодоровского монастыря.
Архивное описание 1875 г. рисует храм как прочное каменное здание с такой же колокольней, крытое железом, с вызолоченным железным крестом и главой, обшитой белой английской жестью. Внутри церковь была выштукатурена, выбелена и раскрашена живописью; снаружи её окружала каменная ограда. В 1883 г. в Ямской слободе открылась земская народная школа, и в 1893 г. в ней было 33 учащихся. К 1895 г. в церкви хранились копии метрических книг с 1803 г. и исповедные росписи с 1838 г.
По ведомости 1897 г. церковь была вполне снабжена ризницей, утварью и святыми иконами; по штату при ней состояли священник и псаломщик. Земли при храме было 3 десятины усадебной, 22 десятины пашенной и 3 десятины сенокосной. Священник жил в небольшом деревянном церковно-общественном доме, перестроенном из старого в 1877 г.; псаломщик имел собственный дом. Оба строения стояли на церковной земле. К храму были приписаны небольшая каменная сторожка при церкви и деревянная часовня в деревне Троицкой. Приход включал Ямскую слободу и село Троицкое, находившееся в двух верстах от церкви; здесь числилось 208 душ мужского пола и 277 женского. К концу XIX в. при Смоленском храме уже существовало кладбище.
Закрытие храма, годы запустения и возобновление богослужений
В советское время Смоленский храм, как и многие другие церкви, был закрыт; с 1940 г. богослужения в нём не совершались. Перед закрытием были расстреляны настоятель священник Николай Нуцков и священник Василий Малинин. После этого храм пришёл в запустение: были украдены иконы, разбиты лики святых, выбиты окна, колокольня дала усадку и покрылась трещинами. При этом здание всё же избежало полного разрушения.
Долгие годы храм использовался как подсобное помещение для хозяйственных нужд. Ближе к 1990-м гг., когда колхоз распался, он оказался фактически никому не нужен. Под его сводами вили гнёзда птицы, а на месте кровли росли сорная трава и мелкая поросль. Именно в таком состоянии в конце 1990-х гг. храм впервые увидел священник Олег Колмаков, ставший в 2003 г. его настоятелем.
10 августа 2003 г., в день Смоленской иконы Божией Матери, в храме была совершена первая после долгого перерыва Литургия.
8 марта 2009 г. на месте предполагаемого дома родителей блаженного Михаила Переславского — Миши-Самуила, родиной которого является Переславская Ямская слобода, прихожане ямского храма установили поклонный крест.