Основание Свято-Троицкого Данилова монастыря неразрывно связано с именем преподобного Даниила и относится к началу XVI в. Место для будущей обители, известное в древности как Божедомье, имело особый статус: здесь, в отдалённых оврагах (скудельницах), хоронили странников, бездомных и тех, кто умер без покаяния или скоропостижной смертью.
Монах соседнего Горицкого монастыря Даниил, наблюдая над этими оврагами таинственное мерцание огней, уверовал в праведность некоторых погребенных там людей и взял на себя духовный подвиг — с молитвой предавать земле каждого, кто оказывался в урочище.
Ключевым событием в создании монастыря стал 1508 г. Братья Иван и Василий Челяднины, находившиеся в опале у великого князя Василия III, пригласили преподобного Даниила отслужить молебен в своём селе. Сразу после богослужения к ним прибыл гонец с вестью о возвращении княжеской милости. Желая отблагодарить инока, братья помогли ему выкупить землю на Божедомье и собрать средства на строительство храма. Они же представили Даниила великому князю, который выдал жалованную грамоту, закрепившую участок за подвижником. Благословение на возведение храма было получено и от митрополита Московского Симона.
В том же 1508 г. был построен первый деревянный храм во имя Всех святых. Вокруг него начали селиться иноки, и так образовалась небольшая Всехсвятская обитель. Позже была возведена вторая деревянная церковь — в честь Похвалы Пресвятой Богородицы. Первым игуменом стал старец Иов, а сам преподобный Даниил продолжал жить в Горицком монастыре.
Первые годы обители были трудными: местные землевладельцы противились изъятию земли, а скудость средств вызывала ропот братии. Однако благодаря поддержке матери преподобного Даниила и притоку пожертвований от почитателей его праведной жизни положение монастыря упрочилось. Особое расположение к обители и её основателю проявлял великий князь Василий III, который посещал Даниила, беседовал с ним и в 1510 г. учредил для монастыря ежегодную хлебную ругу.
В 1530 г. преподобный Даниил был призван в Троице-Сергиев монастырь, где стал восприемником наследника великого князя — будущего царя Ивана Грозного, приняв его от купели. В честь этого события на средства Василия III в 1530–1532 гг. был возведён каменный Троицкий собор — древнейшая сохранившаяся постройка монастыря, созданная зодчим Григорием Борисовым. По главному престолу монастырь стал именоваться Троицким. Вскоре была построена и каменная церковь Похвалы Пресвятой Богородицы.
В 1539 г., чувствуя приближение кончины, преподобный Даниил оставил настоятельство. Скончался он 7 апреля 1540 г. на 81-м году жизни, приняв перед смертью великую схиму, и был погребён у северной стены алтаря Троицкого собора.
На протяжении всего своего правления крестник преподобного, царь Иван Васильевич, проявлял особую заботу об обители. Монастырь получал льготные грамоты, освобождавшие его крестьян от ряда повинностей и торговых пошлин. К концу XVI в. обитель владела значительными вотчинами и семью городскими слободками.
Тяжелейший урон монастырю нанесло Смутное время. В начале XVII в. он был разорён польско-литовскими интервентами: храмы разорены, документы утрачены, вотчины обезлюдели. Благодаря челобитным настоятелей, цари Михаил Феодорович и Алексей Михайлович подтвердили права обители на владения и даровали новые тарханные грамоты, способствовавшие восстановлению. К концу XVII столетия монастырь владел сотнями дворов и тысячами крестьян.
В 1653–1660 гг. над местом погребения основателя был возведён каменный храм во имя преподобного Даниила, пристроенный к Троицкому собору. К этому же времени относится установление церковного почитания святого. В 1660-х гг. Троицкий собор был расписан знаменитой артелью костромских иконописцев под руководством Гурия Никитина.
Архимандрит Варфоломей, управлявший обителью последнюю четверть XVII в., при содействии князя Ивана Петровича Барятинского провёл масштабное обновление монастыря, завершившееся к XVIII столетию. В этот период, несмотря на законодательные ограничения на приобретение земель, обитель продолжала укреплять своё хозяйство, используя обмен владениями, а также рыбные ловли и мельницы.
В советский период монастырь был закрыт, его постройки пришли в запустение. Первые реставрационные работы начались лишь в 1960-х гг. под руководством архитектора Ивана Борисовича Пуришева.
В 1993 г. обитель была возвращена Русской Православной Церкви. В 1994 г. мощи преподобного Даниила, находившиеся в Переславском музее-заповеднике, были перенесены сначала в Никольский монастырь, а через два года — с крестным ходом возвращены в основанную им обитель, где покоятся и поныне.
Собор Живоначальной Троицы с приделом и колокольней
Четырёхстолпный одноглавый Троицкий собор является главным храмом обители. Он был построен в 1532 г. в соответствии с архитектурными традициями своего времени. Возведённый в честь рождения сына Василия III — будущего царя Ивана Грозного, собор отличается монументальностью и изяществом пропорций, при этом изнутри он кажется довольно просторным. Храм является летним, богослужения в нём совершаются ежедневно с начала июня по середину октября.
Собор имеет несколько приделов: центральный освящён в честь Пресвятой Троицы, северный — в честь преподобного Даниила, а южный — во имя усекновения честной главы Иоанна Крестителя. С северной стороны к храму примыкает небольшая церковь во имя преподобного Даниила, возведённая в 1660 г. над местом его погребения. В арке, соединяющей эти храмы, почивают в раке мощи святого. В ансамбль Троицкого собора также входит двухэтажная шатровая колокольня, построенная в 1689 г. на средства князя Ивана Петровича Барятинского.
Главный собор славится своей уникальной фресковой росписью, созданной в 1662–1668 гг. В честь десятилетия канонизации преподобного Даниила келарь Савва пожертвовал триста рублей на создание росписей, после чего к работе была привлечена артель известного костромского иконописца Гурия Никитина Кинешемцева. В артель также входили его помощник Сила Савин и костромские мастера Леонтий Емельянов, Григорий Григорьев и Симеон Павлов.
Летом 1662 г. артель приступила к работе, но вскоре мастера были отозваны в Москву для продолжения работы в Архангельском соборе Кремля. Вернуться в Переславль им удалось лишь по указу царя Алексея Михайловича от 18 мая 1668 г. На этот раз артель пополнилась молодыми мастерами: Григорием Поповым, Петром Дунаевым и Леонтием Пушкарицыным. Фрески собора стали одним из лучших достижений монументально-декоративного искусства второй половины XVII в. На северной и южной стенах изображены сюжеты из библейской книги Бытия, западную стену украшают сцены Откровения Иоанна Богослова, а купол венчает масштабное изображение Христа Вседержителя. Иконостасы и роспись Данилова придела являются более поздними работами мастеров Троице-Сергиевой Лавры.
Церковь Всех святых
Каменная одноглавая церковь во имя Всех святых расположена в восточной части монастыря. Её деревянная предшественница, построенная ещё самим преподобным Даниилом, была самым первым храмом на территории обители.
Нынешняя церковь при бывшей монастырской больнице была возведена в 1687 г. по образцу древней деревянной постройки. С южной стороны при ней находится склеп, обустроенный в память о том, что на этом самом месте молился основатель обители, слушая божественную службу через оконце.
Богослужения здесь совершаются в течение всего года.
Церковь Похвалы Пресвятой Богородицы
Храм в честь Похвалы Пресвятой Богородицы представляет собой часть сложного комплекса сооружений, находящегося к югу от храма Троицы. Изначально эта бесстолпная трёхапсидная церковь существовала ещё во времена преподобного Даниила, а в камне была заново отстроена в 1691–1696 гг. Богослужения в этом храме совершаются в холодное время года.
После завершения строительства соборной колокольни князь Иван Петрович Барятинский пожелал воздвигнуть новое величественное здание вместо обветшалой церкви. Он выделил средства на строительство нового каменного храма, к которому примыкала двухэтажная трапезная палата, хлебня, погреба и кладовые. Рядом с этой трапезной князь Иван Петрович Барятинский впоследствии и был погребён, а в память о нём у южной стены установлена каменная резная доска.
Все работы были завершены к 1696 г., когда церковь и была освящена. Настенные архитектурные украшения конца XVII в. сохранились до наших дней без существенных изменений. Несмотря на то, что в XVIII в. здание дважды страдало от сильных пожаров, последующие пристройки не нарушили его первоначального плана.
Святые врата и церковь Тихвинской иконы Божией Матери
Вход в Свято-Троицкий монастырь с западной стороны пролегает через Святые врата, которые были построены в 1700 г. Непосредственно над ними располагается храм, освящённый в честь Тихвинской иконы Божией Матери в 1889 г.
История этого сооружения началась раньше. В начале XVII в. над вратами уже существовала каменная церковь во имя преподобного Сергия. Однако в 1695 г. в неё ударила молния, храм сгорел, а его стены распались. Поскольку разрушенные врата больше не гармонировали с величественными новыми зданиями обители, монастырские власти обратились за помощью к князю Ивану Петровичу Барятинскому, который профинансировал и эту постройку. Новые Святые ворота с храмом на них были возведены к 1701 г., но освящение церкви состоялось только в 1713 г. в честь Тихвинской иконы Божией Матери.