Протоиерей Василий Ксенофонтович Малинин родился в 1877 г. в с. Патакино Владимирского уезда в семье псаломщика храма Троицы Живоначальной Ксенофонта Малинина.

По окончании Владимирской духовной семинарии был рукоположен в священника и служил в храме преподобного Корнилия Молчальника возле Никольского женского монастыря Переславля-Залесского.

Подробности жизни священника до 1930-х гг. неизвестны, к тому времени он был возведён в сан протоиерея и награждён митрой.

По анкетным данным следственного дела НКВД в семье отца Василия и его супруги Марии Дмитриевны было двое детей: сын — Николай Васильевич, командир РККА, 1901 г. рождения, и дочь — Елизавета Васильевна Борисовская, работница Московской трикотажной фабрики.

Как чуткий и заботливый пастырь отец Василий большое внимание уделял детям. В Корнилиевскую церковь на беседы к священнику приходили не только переславцы, но и дети из близлежащих деревень. Рассказывая школьникам о Боге и Церкви, отец Василий интересовался учёбой, жизнью их семей. Зная, в каком состоянии пребывает народ, отец Василий, надеялся через детей, через их чистые сердца привести к Господу и их родителей.

В конце 1936 г. о священнике начали собирать агентурные сведения. 1 декабря 1936 г. сотрудник местного НКВД, допросив в присутствии учителей школьников, записал:

— В Корнильевскую церковь города Переславля ежедневно ходят дети-ученики, проживающие в поселке Новый Быт, в том числе ходят и пионеры, с которыми проводит беседы поп данной церкви Малинин и бывшие монашины. На беседы в церковь Малинин учеников заманивает разными предлогами — даёт им по три просфоры, их смачивает в красном вине, а когда передает, их благословляет. Рассказывает ученикам о религиозных праздниках — Рождестве и Пасхе, показывает икону «мучения грешников», заманивает учеников ходить на большие праздники в церковь, в особенности в Рождество и Пасху. Малинин говорит, что в эти праздники в церкви бывает очень хорошо. Учеников расспрашивает, кого как зовут, и, узнавши имя, говорит им, когда приходить в церковь на свои именины…

Организатором ребят, посещающих церковь, является ученик средней школы пионер Коля Ранеткин, который проживает в квартире рядом с церковью. Мать его — член ВКП(б), к которой ездят очень часто из воинской части на автомашине; в квартире устраивают пьянство, а ученика Колю в это время из квартиры выгоняют: он в это время собирает ребят и уходит в церковь. Кроме того, церковь вместе с вышеуказанными ребятами посещают дошкольники, проживающие в поселке Новый Быт — от 10 до 15 человек.

30 ноября 1936 г. вышеуказанная группа опять собиралась пойти в церковь, но церковь оказалась закрытой — не было Малинина, которого ученики ходили встречать, но не встретили. Вышеуказанная группа учеников-пионеров в данный момент разложилась, пионерские галстуки после прихода домой из школы снимают и между собой договариваются, чтобы галстук не носить, а кто наденет, с того стаскивают. Этим больше всего отличаются пионеры Александров и Ранеткин: если на пионере увидят галстук, над пионером устраивают смех: «Зачем надел собачью радость?»

18 октября 1937 г. протоиерей Василий был арестован, заключён в тюрьму в Ярославле и в тот же день допрошен. Выяснив, что отец Василий поддерживает отношения с благочинным отцом Леонидом Гиляревским и священниками, служащими в соседних приходах, и что некоторые из них приезжают к нему исповедоваться, следователь заявил, что отец Василий обвиняется в том, что состоял членом церковно-монархической организации г. Переславля, вовлекал в церковь детей рабочих, пионеров, и подвергал их антисоветской обработке. Священник виновным себя не признал.

19 октября 1937 г. следствие было закончено, и 28 октября тройка НКВД приговорила престарелого священника к десяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере.

19 января 1938 г., после двух месяцев этапа, он прибыл в один из лагерей Бамлага, Джелтулакского района Амурской области на Дальнем Востоке.

Протоиерей Василий скончался 10 апреля 1938 г. на 61-м году жизни в лагерном лазарете Бамлага «от декомпенсированного порока сердца и резкого истощения», и был погребён в безвестной могиле.

11 мая 1989 г. отец Василий был реабилитирован.

17 июля 2002 г. определением Священного Синода Русской Православной Церкви протоиерей Василий Малинин был причислен к сонму Новомучеников и исповедников Российских.