Протоиерей Евгений Андреевич Елховский родился 26 февраля 1869 г. в с. Пустоша Судогодского уезда Владимирской губернии (совр. Шатурский район Московской области) в небогатой многодетной семье псаломщика.

В 1885 г. окончил Владимирское духовное училище по II разряду, в 1891 г. — Владимирскую духовную семинарию по II разряду.

Работал учителем в школе при заводе «Уршель» Судогодского уезда Владимирской губернии.

11 сентября 1894 г. венчался с Александрой Алексеевной Альбицкой. Воспитали четверых детей: Сергея, Владимира, Александра и Лидию.

19 ноября 1895 г. был рукоположен во диакона в Богородице-Рождественском архиерейском монастыре, а 21 ноября — во священника в Боголюбовском монастыре.

В 1895–1907 гг. служил в Введенском и Сорокосвятском храма Рыбацкой слободы г. Переславля-Залесского.

В 1896–1906 гг. был законоучителем в Рождественской церковноприходской школе. Состоял членом уездного отделения Владимирского епархиального училищного совета.

В 1906–1907 гг. — законоучитель в Успенской школе в «Рыбаках».

С 31 октября 1907 г. — настоятель храма Свято-Никольского женского монастыря г. Переславля-Залесского, учитель в монастырской школе.

В 1920 г. был арестован большевиками, затем отпущен.

В феврале 1923 г. монастырь был закрыт, в мае 1923 г. продолжил служение в приходе вновь открытого Благовещенского храма Свято-Никольского женского монастыря.

С апреля 1924 г. также служил в Преображенском соборе г. Переславля-Залесского.

В июле 1924 г. возведен в сан протоиерея.

В 1930 г. арестован за «зажим разменной монеты», содержался три месяца в тюрьме г. Александрова.

После 1930 г. служил в церкви митрополита Петра г. Переславля-Залесского.

18 октября 1937 г. арестован по обвинению в участии в антисоветской церковно-монархической организации. Один из свидетелей, вызванных по сфабрикованному делу, утверждал, что в канун Рождества 1935 г. он видел, как отец Евгений «остановил группу школьников, человек десять, и уговаривал их приходить в церковь». Батюшка говорил ученикам, «чтобы они не слушали учителей-безбожников, ходили чаще в церковь, и что если они не будут ходить в церковь, то, кроме разврата, их в школе ничему не научат».

Других, обвинений не было, кроме общения с другими священниками, интерпретировавшимися как участие в «сборищах, проходивших на квартирах духовенства Переславского района», на которых якобы велись антисоветские разговоры. Из таких показаний было составлено обвинение в том, что отец Евгений проводит антисоветскую обработку пионеров, допускает высказывания повстанческого и террористического настроения в отношении коммунистов, защищает врагов народа, на собраниях организации давал установку её участникам вести среди крестьян и горожан антисоветскую работу. Сам священник был допрошен только один раз и вины своей не признал. По рассказу дочери отца Евгения на допросах пытали, пытаясь выбить признание вины, сажали в огромную бадью и спускали в колодец.

27 октября 1937 г. был приговорен к расстрелу постановлением тройки при УНКВД СССР по Ярославской области.

Расстрелян 29 октября 1937 г. в Ярославле.

22 мая 1989 г. был реабилитирован по 1937 г. репрессий.

В августе 2000 г. на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви протоиерей Евгений Елховский был причислен к сонму Новомучеников и исповедников Российских.