Епископ Исаия (Владимир Димитриевич Ковалёв) родился в 1882 году в городе Угличе.

В 1903 году окончил Рыбинское речное училище. С 1903 по 1946 год трудился на речном транспорте.

9 июня 1946 года архиепископом Рязанским Димитрием (Градусовым) рукоположен во диакона к Вознесенскому храму города Спасска Рязанской области. 10 июня 1946 года пострижен в монашество. 1 февраля 1947 года рукоположен во иеромонаха.

При переводе архиепископа Димитрия в Ярославль в 1947 году последовал за ним и был назначен в клир Феодоровского кафедрального собора города Ярославля.

В декабре 1947 года награждён наперсным крестом, в 1949 году возведён в сан игумена, в 1951 году — в сан архимандрита.

С января 1951 года — эконом и казначей Ярославского архиерейского дома.

С 13 июня 1952 года — настоятель Феодоровского кафедрального собора Ярославля.

11 ноября 1954 года определён епископом Угличским, викарием Ярославской епархии. Тогда же назначен временным управляющим Ярославской епархией.

28 ноября 1954 года в Богоявленском Патриаршем соборе состоялась его хиротония, которую совершали: Патриарх Московский и всея Руси Алексий I, митрополит Крутицкий и Коломенский Николай (Ярушевич), Экзарх Украины митрополит Киевский и Галицкий Иоанн (Соколов), архиепископ Алеутский и Северо-Американский Борис (Вик), епископ Куйбышевский и Сызранский Иероним (Захаров) и епископ Псковский и Порховский Иоанн (Разумов).

Скончался 21 октября 1960 года в Ярославле.