Епископ Иоанникий, в миру Иван Афанасьевич Казанский, родился 18 июня 1839 г. в семье псаломщика Троицкой церкви с. Лобаново Севского уезда Орловской губернии (совр. районный центр Комаричи Брянской области) .
В 1863 г. окончил Орловскую духовную семинарию.
В 1864 г. рукоположён во диакона.
В 1868 г. поступил в Московскую духовную академию.
12 мая 1872 г. пострижен в монашество и рукоположен во иеромонаха.
По окончании академии со степенью кандидата богословия, назначен преподавателем Олонецкой духовной семинарии.
С 1879 г. — смотритель Петрозаводского духовного училища.
В 1881 г. возведён в сан архимандрита.
С 1882 г. — ректор Донской духовной семинарии.
С 1884 г. — ректор Смоленской духовной семинарии.
С 1885 г. — настоятель Маркова монастыря Витебской епархии.
21 февраля 1888 г. в Свято-Троицком соборе Александро-Невской лавры хиротонисан во епископа Великоустюжского, викария Вологодской епархии.
С 3 мая 1891 г. — епископ Владикавказский и Моздокский. После вступления в управление епархией совершил три непродолжительные поездки по приходам. Особое внимание было на открытие и благоустройство церковно-приходских школ, на установление нормальных отношений прихожан к своим причтам, на благоустройство и благоукрашение церквей. В 1892 г. во время эпидемии холеры ежедневно посещал больных в холерных бараках, часто сам напутствовал умирающих.
С 23 августа 1892 г. — епископ Михайловский, викарий Рязанской епархии.
С 29 марта 1895 г. — епископ Угличский, викарий Ярославской епархии.
С 7 февраля 1901 г. — епископ Архангельский и Холмогорский. Уделял большое внимание древлехранилищу Архангельского церковно-археологического общества. Занимался организацией миссионерской деятельности.
31 октября 1908 г. уволен на покой в Данилов монастырь в Москве.
С 5 декабря 1908 г. был определён штатным членом Московской Синодальной конторы.
Скончался 15 декабря 1917 г.
