Епископ Иоанникий (Иван Афанасьевич Казанский) родился 18 июня 1839 года в семье псаломщика Троицкой церкви села Лобаново Севского уезда Орловской губернии (совр. районный центр Комаричи Брянской области).

В 1863 году окончил Орловскую духовную семинарию.

В 1864 году рукоположён во диакона.

В 1868 году поступил в Московскую духовную академию.

12 мая 1872 года пострижен в монашество и рукоположён во иеромонаха.

По окончании академии со степенью кандидата богословия, назначен преподавателем Олонецкой духовной семинарии.

С 1879 года — смотритель Петрозаводского духовного училища.

В 1881 году возведён в сан архимандрита.

С 1882 года — ректор Донской духовной семинарии.

С 1884 года — ректор Смоленской духовной семинарии.

С 1885 года — настоятель Маркова монастыря Витебской епархии.

21 февраля 1888 года в Свято-Троицком соборе Александро-Невской лавры хиротонисан во епископа Великоустюжского, викария Вологодской епархии.

С 3 мая 1891 года — епископ Владикавказский и Моздокский. После вступления в управление епархией совершил три непродолжительные поездки по приходам. Особое внимание было на открытие и благоустройство церковно-приходских школ, на установление нормальных отношений прихожан к своим причтам, на благоустройство и благоукрашение церквей. В 1892 году во время эпидемии холеры ежедневно посещал больных в холерных бараках, часто сам напутствовал умирающих.

С 23 августа 1892 года — епископ Михайловский, викарий Рязанской епархии.

С 29 марта 1895 года — епископ Угличский, викарий Ярославской епархии.

С 7 февраля 1901 года — епископ Архангельский и Холмогорский. Уделял большое внимание древлехранилищу Архангельского церковно-археологического общества. Занимался организацией миссионерской деятельности.

31 октября 1908 году уволен на покой в Данилов монастырь в Москве.

С 5 декабря 1908 году был определён штатным членом Московской Синодальной Конторы.

Скончался 15 декабря 1917 года.