Основание пустыни и пожертвование земли
К западу от Феодоровского монастыря, в 4 верстах от него, близ усадьбы Ботик, где хранятся остатки флотилии Петра I, в конце XIX в. трудами настоятельницы Федоровского женского монастыря г. Переславля игумении Евгении (Георгиевской) была устроена Воскресенская пустынь. Земля под строительство была пожертвована Феодоровскому монастырю купцом Василием Борисовичем Глинским. 1 февраля 1888 г. состоялся официальный ввод во владение участком при сельце Воскресенском, в советский период переименованном в Новоселье, с пустошами. Позднее смежный участок передал обители московский купец В.И. Мохов.
Первоначально Василий Борисович предполагал построить на этом месте храм во имя святого благоверного великого князя Владимира в ознаменование чудесного спасения императорской семьи 17 октября 1888 г. Сохранилась записка благотворителя 1889 г. с правкой игумении Евгении, свидетельствующая об её участии в подготовке документа. Однако в течение года строительство не начиналось.
Строительство храма
Впоследствии проект был изменён. Храм решено было посвятить святым мученикам Борису и Глебу. Средства на строительство выделил купец Владимир Борисович Глинский «для вечного поминовения» своего отца. Автором проекта выступил архитектор, исследователь древнерусского зодчества, академик Владимир Васильевич Суслов.
Кирпич для строительства изготовлялся на месте, для чего за территорией пустыни был устроен кирпичный завод. Каменщики, печники и штукатуры были выписаны из Москвы, слесарные и кровельные работы выполнили переславские мастера. Изразцы для церкви изготовлены по старинным образцам мастером Харламовым из Санкт-Петербурга.
Восточный фасад храма выходил на проезжую дорогу. В здании были устроены подвальный этаж, хоры, отдельные помещения для библиотеки и ризницы. Для прихожан был предусмотрен отдельный вход через галерею с улицы, для монашествующих — с западной стороны.
Наблюдение за работами вёл сам Владимир Васильевич Суслов. Иконостас выполнен по его указаниям петербургским мастером Александром Васильевичем Шутовым в русском стиле XVII в. с отделкой золотом, серебром и эмалевыми красками.
Освящение и устройство обители
19 июля 1894 г. храм Бориса и Глеба в пустыни был освящён. Содержание храма Владимир Борисович Глинский обеспечил отдельным капиталом. Церковь имела мозаичный пол и духовое отопление, была снабжена священническими облачениями и утварью. Пустынь была обнесена каменной оградой, внутри возведены два деревянных дома для монахинь и послушниц, скотный двор, погреба, сараи, дом для рабочих. Вне ограды построен каменный дом для священника, которому было назначено содержание процентами с капитала.
Пустынь в советский период
В советский период пустынь была закрыта, храм пустовал. После разрушения шатра и верхней части стен в нём размещались клуб и библиотека. После пожара от храма сохранились только стены. Были разрушены ограда, кельи и хозяйственные постройки.
Восстановление храма
На основании сохранившейся фотографии и обмеров уцелевшего объема храма был составлен эскизный проект восстановления. В 2010 г. начаты восстановительные работы.
Автобусная остановка, располагавшаяся у храма, была перенесена на другую сторону дороги. Внутренние помещения и подвал расчищены от строительного и бытового мусора. Проходившая через подвал теплосеть вынесена за пределы храма. Четверик храма перекрыт временной кровлей, оконные проёмы закрыты временными рамами, что позволило вести работы внутри.
Внутри храма возведены разобранные ранее кирпичные столбы, а на них установлены подпружные железобетонные арки в кирпичном каркасе, на арки поставлен кирпичный восьмерик. Восьмигранный шатер выполнен в дереве. Декоративные детали и оконные проёмы восстанавливались по старой фотографии и аналогии с сохранившимися элементами. С западной стороны восстановлено шатровое крыльцо со звонницей.
В настоящее время требуются кровельные работы, установка главок с крестами, восстановление утраченных изразцов.
В праздничные в храме совершаются молебны.