Протоиерей Флегонт Николаевич Понгильский родился 28 марта 1871 г. в с. Каряево Угличского уезда Ярославской губернии в семье священника Николая Понгильского.

Окончив Ярославскую духовную семинарию, Флегонт Николаевич стал учителем в церковноприходской школе в с. Смоленском, что в Красном Бору, Ярославского уезда.

В 1895 г. Флегонт Николаевич был рукоположен во священника к храму Василия Великого в с. Васильевском в Юхти Угличского уезда, а через два года перемещён к храму Воскресения Христова в с. Железный Борок Ярославского уезда. В 1905 г. отец Флегонт был переведён служить в Никольский храм в Ярославле и стал преподавать Закон Божий в нескольких учебных заведениях города.

Во время Первой мировой войны служил священником при 663-м пехотном полку и исполнял пастырские обязанности в военных лазаретах.

В 1915 г. архиепископ Ярославский Агафангел (Преображенский) по просьбе прихожан назначил отца Флегонта в храм Димитрия Солунского в Ярославле. В том же году он был награждён золотым наперсным крестом и несколько лет спустя — возведён в сан протоиерея, назначен одним из благочинных г. Ярославля.

Протоиерей Флегонт был арестован 7 сентября 1929 г. Поводом для преследования послужила переписка ярославского духовенства относительно декларации митрополита Сергия (Страгородского), а также действия назначенного митрополитом Сергием правящим архиереем в Ярославль архиепископа Павла (Борисовского).

Отца Флегонта обвиняли в антисоветской деятельности, заключавшейся в том, что он обсуждал со священниками вопросы церковной жизни и положение Церкви в безбожном государстве, открыто ставящем своей целью её уничтожение. Будучи допрошен, виновным себя не признал.

3 января 1930 г. Коллегия ОГПУ вынесла приговор, касающийся 33-х обвиняемых — священнослужителей и мирян Ярославской и Ивановской епархий: протоиерей Флегонт был приговорён к трём годам ссылки в Северный край. 10 ноября 1932 г. освобождён.

Желая быть ближе к семье, проживавшей в пос. Новогиреево под Москвой, священник, не имевший возможности жить в непосредственной близости от Москвы, как отбывший заключение по политической статье, поселился на границе Московской и Владимирской областей и устроился работать на железной дороге. В 1936 г. трудился весовщиком на ст. Храпуново Ногинского района, но был уволен по требованию паспортного стола, как отбывавший ранее срок заключения. Затем поселился в пос. Петушки в одной квартире вместе с высланными за стокилометровую зону священниками и устроился работать сторожем на топливный склад при железной дороге.

4 декабря 1937 г. отец Флегонт был арестован и заключён в Таганскую тюрьму в Москве. Сразу же после ареста ему был устроен первый и последний допрос. Обвинялся в контрреволюционных взглядах и недовольстве политикой партии и правительства. Виновным себя не признал.

9 декабря 1937 г. тройка НКВД приговорила его к десяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере.

23 апреля 1938 г. скончался в возрасте 67-ми лет в одном из лагерей Новосибирской области. Погребён в безвестной могиле.

Реабилитирован 22 июня 1993 г. прокуратурой Ивановской области по делу от 1930 г. и 19 апреля 1989 г. заместителем прокурора Владимирской области по делу от 1937 г.

Определением Священного Синода от 17 июля 2001 г. протоиерей Флегонт Понгильский был причислен к сонму Новомучеников и исповедников Российских.