Преподобный Даниил родился в Переславле-Залесском в семье землевладельца Константина и Феклы. В крещении был наречён Димитрием.

Отец Димитрия с супругой и детьми ранее 1437 г. выехал из Мценска вместе с мценским наместником Григорием Протасьевым, перешедшим на службу в Москву по приказу великого князя Московского Василия II Васильевича. Семья поселилась в Переславле-Залесском.

Ещё в отрочестве у Димитрия проявились аскетические наклонности. Услышав однажды чтение жития преподобного Симеона Столпника и решив подражать святому, мальчик тайно обмотал тело веревкой, которую отрезал от лодки тверских купцов, стоявшей у берега реки Трубеж. Веревка впивалась в тело, однако с Димитрия её сняли только тогда, когда раны загноились, мальчик заболел и причина его страданий открылась родителям. Ради умерщвления плоти отрок также отказывался мыться в бане.

После окончания учения грамоте Димитрий некоторое время «в наказание благих обычаев» жил в Никитском монастыре Переславля-Залесского у своего родственника, также переселившегося из Мценска, игумена Ионы, о благочестивой жизни которого знал великий князь Иоанн III Васильевич, пользовавшийся наставлениями старца. В Никитском монастыре, видимо, окончательно сформировалось желание юноши принять иночество. Вместе с родным братом Герасимом Димитрий ушёл из Переславля и, надеясь стать учеником преподобного Пафнутия Боровского, направился к нему в монастырь, но не застал основателя обители в живых, преподобный Пафнутий скончался 1 мая 1477 г.

Димитрий принял постриг в Боровском монастыре с именем Даниил и был в послушании у преподобного Левкия Волоколамского. 10 лет Даниил прожил в Боровском монастыре, затем вместе с преподобным Левкием удалился в основанную последним Успенскую пустынь на реке Рузе, где прожил ещё 2 года. Братия любила Даниила и удивлялась, что в столь юном возрасте он превзошёл многих сверстников в стремлении к добродетели. Впоследствии Даниила воспринимали как ученика преподобного Пафнутия.

Около 1489 г. Даниил «Божиею волею» оставил монастырь. Как и преподобный Иосиф Волоцкий, Даниил «обходил многие монастыря, внимая благим обычаям и пользуясь житием добродетельных отцов», затем вернулся в Переславль. К тому времени отец святого умер, а мать приняла монашеский постриг с именем Феодосия. В Переславле Даниил сначала нёс послушание пономаря в Никитском монастыре, потом перешёл в Горицкий Успенский монастырь, игуменом которого был Антоний. родственник святого.

Брат преподобного Герасим служил диаконом в Горицком монастыре и вскоре скончался, другой брат, Флор, принял здесь постриг с именем Феодор. В Горицком монастыре Даниил первоначально занимался печением просфор, однако по благословению настоятеля вскоре принял священство. В некоторые годы святой ежедневно служил Литургию, ночи он зачастую проводил в молитвенном бдении. На исповедь к преподобному Даниилу стало приходить много мирян — святой действовал на совесть кающихся кротостью и лаской.

В келье преподобного Даниила неоднократно находили приют бездомные. Он добровольно взял на себя труд заботиться о погребении умерших без покаяния и причастия — убитых разбойниками, замерзших в дороге и т.п. Вследствие народного суеверия тела таких «заложных» покойников не закапывали, а оставляли на съедение зверям и птицам. Подбирая по ночам безымянные тела, Даниил на плечах относил их в скудельницу, в то время находившуюся за городской чертой, на юго-восток от Переславля, где отпевал и хоронил их. После бывшего преподобному Даниилу и игумену Никольского монастыря Переславля Никифору видения множества горящих свечей на скудельнице преподобный решил основать здесь храм для поминовения усопших с белым священником, но по совету 3 пустынников из Заволжья на 3 года отложил исполнение своего замысла.

Строительству храма способствовали бояре Иван и Василий Челяднины, давно поддерживающие связи с Горицким монастырём. Челяднины, в 1508 г. бывшие в опале и жившие в своей вотчине селе Первятине, в 34 верстах от Переславля-Залесского, пригласили святого в своё село служить Литургию, сразу после которой к ним прибыл гонец от великого князя Василия III Иоанновича с известием о возвращении им милости государя. В благодарность преподобному, по молитвам которого они «прежнюю честь» получили», бояре обещали споспешествовать святому в устроении храма на божедомье. Вернувшись в Москву, Челяднины рассказали о Данииле и его замысле Василию III, который распорядился выдать преподобному грамоту «на брежение… дабы никто ж не владел тем местом, ниже служителем тоя церкви, кроме Данила» и милостыню.

Преподобный Даниил, придя в Москву, был принят митрополитом Симоном, который дал святому благословенную грамоту на строительство храма. Кроме того, святой получил средства от людей, чьи родственники были похоронены на божедомье. Согласно житийному рассказу, по 100 «сребрениц» дали святому одна из переславских женщин, некий рыбак и местный крестьянин. Вскоре переселённый при великом князе Иоанне III из Новгорода купец Фёдор обратился к святому с просьбой поставить на скудельнице не мирскую церковь, а монастырь. Фёдор желал построить себе там келью и принять монашеский постриг. Святой согласился, видя в этом Божию волю.

Деревянная церковь на божедомье, положившая начало Троицкому Данилову монастырю, была освящена во имя Всех святых в 1508 г. в присутствии многих горожан. Постепенно рядом с храмом стали селиться многие миряне, по благословению преподобного принимавшие постриг, была построена трапезная с церковью в честь Похвалы Пресвятой Богородицы. Братия избрала игумена — им стал некий Иов, в храме служили 2 священника и диакон.

По замыслу преподобного Даниила насельники монастыря должны были погребать умерших в скудельницах и молиться о них, кормить голодных, лечить больных. У скудельниц в окрестностях Переславля насельники монастыря установили кресты, перед которыми часто служились панихиды, а в обители в продолжение более 100 лет по преставлении Даниила сохранялся установленный «по преданию преподобного» обычай погребать странных и убогих в монастырской скудельнице.

Сам преподобный Даниил, оставаясь иеромонахом Горицкого монастыря, каждый день ходил в храм на божедомье поучать братию. Преподобный своими руками строил кельи для братии, распахал для монастыря небольшой участок земли — «бе бо велми трудолюбив». Первоначально в Даниловом монастыре был принят особножительный устав. У обители не было земельных владений, и монахи «в нищете и скудости пребывали… и все питались рукоделием, кто что умел, и многие христолюбивые мужи милостынею их посещали». Многие из братии тяготились нелегкой жизнью в обители. Принимая постриг, они полагали, что святой «много имения имея, монастырь поставил», и надеялись на безбедную жизнь, теперь же они собирались отказаться от монашества. Однажды преподобный Даниил из-за конфликта с братией даже хотел уйти в «своё пострижение» — в Пафнутиев монастырь, но остался, уступив настойчивым просьбам матери-инокини.

Часто досаждали святому окрестные землевладельцы, которые «с оружием и дреколием… отгоняли самого Данила и братию от пашни, и не давали выйти из монастыря». Они обвиняли святого в том, что он поставил монастырь на их земле и хочет обладать всеми их землями и селами.

Через некоторое время, после того как архимандрит Горицкого монастыря Исаия по старости удалился на покой в Пафнутиев монастырь, Даниил, уступив просьбам монахов и бояр Челядниных, стал архимандритом Горицкого монастыря. Святой строго следил за соблюдением монастырского устава, управляя братией «не нужею, но безлобием и любовию духовною». Он запретил выходить без благословения из монастыря на рынки и в дома мирян, а также для сбора подаяния, запретил пускать в кельи монахов их родственников-мирян и устраивать там «пирования», в монастыре были уничтожены бани. Через 10 месяцев Даниил оставил настоятельство, желая подвизаться в безмолвии, но продолжал жить в Горицком монастыре, регулярно навещая обитель на божедомье.

Когда великий князь Василий III посетил на богомолье Переславль, по всей видимости, осенью 1510 г., то остался очень доволен порядками в Даниловом монастыре и лично Даниилом. Великий князь пожаловал безземельной обители хлебную ругу. Благодаря этой поддержке Даниил по благословению митрополита Варлаама построил в обители новые, более просторные храмы взамен старых, прежний Всехсвятский храм был перенесен в Горицкий монастырь, а также дополнительные кельи, поскольку к этому времени в обители жили около 70 насельников. В следующий приезд в Переславль, по-видимому, в 1523 г. великий князь уговорил Даниила стать игуменом основанного им монастыря и ввести в нём общежительный устав. Уже при жизни преподобного Даниила монастырь начал обзаводиться земельной собственностью.

В конце 1528 г. Василий III и великая княгиня Елена посетила Данилов монастырь во время поездки по северным обителям для богомолья о рождении наследника. По преданию, по молитве Даниила у великого князя родился сын — будущий царь Иоанн IV. Даниил, наряду со старцем Иосифова Волоколамского монастыря блаженным Кассианом Босым и старцем Троице-Сергиева монастыря Иовом (Курцевым) был восприемником княжича Иоанна, когда его крестили в Троице-Сергиевом монастыре 4 сентября 1530 г.

В сочинении «Благодарение и похвала о благорадостном рождении по неплодстве сына, молитвою от Бога дарованна… боговенчанного царя и великого князя Ивана», включенном в Лицевой летописный свод о Данииле говорится как о священнике, «иже во многих летех благоговейно предстояй олтарю Господню, иже от основания воздвиже великую обитель в Переяславли во имя Святая Троица, и Пречистыа Богородица, и всех святых; всех бо святых прилежай добродетелех, ибо всех странных и безпомощных упокоиваше достойно и мертвых погребаше, по всему же бяше тих и кроток».

В честь рождения сына Василий III пожертвовал деньги на строительство первого каменного храма в Даниловом монастыре — Троицкого собора с приделом во имя святого Иоанна Предтечи — святого покровителя княжича Иоанна. Вскоре в монастыре была построена в камне также церковь в честь Похвалы Пресвятой Богородицы с трапезной.

3 ноября 1532 г. в Богоявленской церкви на Троицком подворье в Москве Даниил вместе с игуменом Троице-Сергиева монастыря Иоасафом (Скрипицыным) крестил второго сына Василия III — Юрия.

Близость к семье правителя никак не сказалась на образе жизни Даниила, для которого было характерно «в молитвах протяженное простирание и безгневное любомудрие, смиреное же кротостное любоприятие и в трудех преизящное трудолюбие». Даниил учил иноков прилежанию в молитве, как церковной, так и келейной, заповедал строгое безмолвие после вечернего правила. Святой игумен трудился на всех монастырских послушаниях — чистил конюшню, участвовал в постройке монастырской ограды и братских келий, возделывал огород. По благословению преподобного Троицкий монастырь принимал и кормил нищих, голодающих и недужных людей. Отправляясь куда-либо по делам, святой всегда шёл, даже если сопровождавшие его иноки ехали на телеге. Путешествуя в 1533 г. в Новгород к святителю Макарию, имевшему духовную любовь к преподобному, за иконами для новопоставленной церкви, Даниил подвергся нападению разбойников близ города Кашина, был ограблен, но впоследствии, во время суда, простил нападавших и отказался от требования возмещения ущерба.

Преподобный Даниил ещё при жизни прославился чудотворением: по его молитве от тяжкого искушения были избавлены 2 инока, исцелился оборонявший Смоленск воевода боярин И.С. Воронцов, спасся от разбойников священник «великия церкви… града Переславля», по-видимому, автор жития протопоп Андрей.

В октябре 1539 г. Даниил стал инициатором обретения мощей и канонизации благоверного князя Андрея Смоленского, после изгнания из своего города, жившего в Переславле и похороненного у церкви святителя Николая Чудотворца.

Учениками игумена Даниила были уроженцы Переславля-Залесского настоятель Спасо-Преображенского собора Андрей, будущий митрополит Московский и всея Руси Афанасий, основатель нескольких монастырей на Смоленской земле преподобный Герасим Болдинский, который возможно, в игуменство Даниила был казначеем обители — казначей Герасим упоминается в актах Данилова монастыря 1525–1527 гг., и другие.

Перед смертью преподобный Даниил просил Иоанна IV назначить новым настоятелем монастыря своего постриженика и ученика старца Илариона. Царь удовлетворил просьбу игумена, выдав Данилову монастырю 17 июня 1539 г. жалованную грамоту. Незадолго до кончины святой сделал попытку тайно уйти в место своего пострижения — Пафнутиев монастырь, но был умолен и остался в Переславле.

Приняв великую схиму, Даниил скончался 7 апреля 1540 г. в возрасте более 80 лет в основанном им монастыре, перед смертью он имел видение 3 «чудных иноков», которые некогда посетили его в Горицком монастыре. Святой был погребён близ Троицкого собора, с северной стороны.

Местное почитание преподобного Даниила установилось в Переславле-Залесском сразу после его кончины, у гроба святого служились панихиды. В мае 1545 г. великий князь Иоанн IV «поехал по чудотворцем молиться в Переславль», что, вероятно, говорит о почитании как чудотворца уже не только преподобного Никиты Столпника, но и Даниила, возможно также и святого князя Андрея. В 1552 г., при осаде Казани войсками Иоанна IV, духовник царя протопоп Андрей молился преподобному о даровании русскому войску победы и был в сонном видении извещён о том, что его молитва услышана, а также о том, что в будущем он примет иночество.

Мощи преподобного Даниила были обретены 17 ноября 1652 г., 30 декабря по повелению патриарха Никона они были освидетельствованы митрополитом Ростовским и Ярославским Ионой (Сысоевичем), архимандритом Горицкого монастыря Ермогеном, архимандритом Тихоном и другими.

В 1653 г. над погребением преподобного Даниила в его честь был освящён северный придел Троицкого собора, через несколько лет на средства паломников на этом месте построили новый придел, освящённый в 1660 г. Там в специально устроенной раке почивали мощи святого. 16 октября 1716 г. состоялось переложение мощей Даниила в новую медную посеребренную раку, в память о чём в 1782 г. по благословению Переславского епископа Феофилакта было установлено празднование этого дня. В 1811 г. над ракой была возобновлена сень, 10 августа 1813 г. придел был заново освящён. 28 июля 1816 г. мощи преподобного переложили в новую серебряную раку, устроенную на средства купца К.В. Крестовникова и поставленную высоко над полом церкви в арке между основным пространством храма и приделом. В южной стене построенной в 1687 г. каменной церкви Всех святых был устроен склеп, «сделанный в память того, что на сем месте и в таком же склепу молился преподобный Даниил, слушая в оконце Божественную службу».

После упразднения Троицкого Данилова монастыря в начале 1923 г. рака с мощами преподобного Даниила была перенесена в краеведческий музей, в 1923–1926 гг. была выставлена в упразднённом и переданном музею Горицком монастыре в отделе церковных древностей, в 60-70-х гг. экспонировалась в дореволюционно-историческом отделе, с начала 1978 г. хранилась в фондах музея.

20 апреля 1994 г. рака с мощами преподобного Даниила была передана Никольскому женскому монастырю, в 1996 г. вернулась в возобновленный Троицкий Данилов монастырь, где и находится в настоящее время на прежнем месте.