Епископ Никон (Филипп Егорович Богоявленский) родился в 1831 году в семье причётника Тульской епархии.

В 1855 году окончил Киевскую духовную академию.

С 12 апреля 1856 года — учитель Тульской духовной семинарии.

8 сентября того же года рукоположен во священника.

30 июля 1858 года утверждён в степени магистра богословия.

С 9 ноября 1859 года — законоучитель Тульского Александровского кадетского корпуса.

С 28 сентября 1866 года — законоучитель Санкт-Петербургской военно-чертёжной школы.

12 апреля 1872 года возведён в сан протоиерея.

Получил благодарность от императорской семьи за пастырскую опеку Охтинского детского приюта в Санкт-Петербурге.

В феврале 1881 года назначен настоятелем посольской церкви в Риме.

5 марта 1881 года пострижен в монашество с именем Никон, а 14 марта возведён в сан архимандрита.

С 20 ноября 1884 года — настоятель Мелецкого Николаевского монастыря.

С 13 августа 1885 года — член Петербургского Цензурного комитета.

10 апреля 1888 года в Санкт-Петербурге хиротонисан во епископа Сарапульского, викария Вятской епархии.

С 4 марта 1889 года — епископ Глазовский, викарий Вятской епархии.

С 21 августа 1893 года — епископ Угличский, викарий Ярославской епархии.

С 16 января 1895 года — епископ Туркестанский и Ташкентский. Как и его предшественник, епископ Григорий (Полетаев), столкнулся с проблемой нехватки священнослужителей в крае. К началу XX века в Туркестане образовалось более 120 русских селений с населением в 70 тысяч человек, число приходов неуклонно росло. Ходатайствовал об основании в епархии духовной семинарии, но в то время идея не получила претворения. Открыл новый Аулиеатинский благочинный округ. Освятил Свято-Сергиевские храмы в Андижане и Ташкенте.

Скоропостижно скончался 19 июня 1897 года в Верном (совр. Алма-Ата). Погребён в Софийском соборе.