Епископ Анатолий (Владимир Александрович Аксёнов) родился 22 ноября 1958 года в городе Переславле-Залесском Ярославской области.

В 1974–1978 годах учился в Переславском техникуме химической промышленности, работал водителем.

В 1981 году поступил в Московскую духовную семинарию, в 1985 году — в Московскую духовную академию, которую окончил в 1989 году со степенью кандидата богословия.

16 июня 1987 года принял монашеский постриг, 28 июня рукоположен во иеродиакона, 18 июля — во иеромонаха.

С августа 1989 года преподаватель МДАиС, профессорский стипендиат 1989/90 учебного года.

С сентября 1990 года по апрель 1994 года исполнял послушание старшего помощника инспектора МДАиС, с ноября 1990 года — заместитель ректора по административно хозяйственной работе.

10 апреля 1990 года возведён в сан игумена.

22 января 1994 года назначен наместником Никитского и Данилова монастырей и строителем Никольского женского монастыря в Переславле-Залесском.

7 апреля 1995 года возведён в сан архимандрита.

15 февраля 1998 года хиротонисан во епископа Переславль-Залесского, викария Ярославской епархии. С марта по декабрь 1998 года являлся ректором Ярославского духовного училища.

28 декабря 1998 года переведён на Магаданскую кафедру.

С 8 октября 2000 года — епископ Ялуторовский, викарий Тобольской епархии.

17 июля 2001 года почислен на покой.

Решением Священного Синода от 6 октября 2010 года (журнал №96) назначен Преосвященным Костанайским и Петропавловским.

25 марта 2011 года Синодом Митрополичьего округа Русской Православной Церкви в Республике Казахстан назначен председателем Хозяйственного управления Митрополичьего округа.

С 5 октября 2011 года — Костанайский и Рудненский.

Решением Священного Синода от 25 августа 2020 года (журнал №57) освобождён от управления Костанайской епархией и почислен на покой.