Годеново — древнее село, расположенное на территории Ростовского района Ярославской области. Известно, что в XVI веке оно принадлежало ростовскому князю Борису Андреевичу Приимкову, происходившему из рода Рюриковичей. Внук его, Иван Никитич Приимков-Ростовский, пожертвовал вотчину «на помин своей души» Ростовскому архиерейскому дому. Впоследствии, в XVIII веке, Годеново перешло в ведомство Коллегии экономии.

Согласно архивным документам и библиографическим источникам, каменная пятиглавая церковь во имя святителя Иоанна Златоуста с шатровой колокольней возведена вместо одноименного деревянного храма в 1784-1794 годах на средства приходских людей. На 1784 год в приходе церкви святителя Иоанна Златоуста числилось: «приходских 150 дворов, в них душ мужеска 454, женска 476. Обоего 930. Священно и церковнослужителей в том селе имеется: священник, диакон, дъячок и понамарь». Строительство нового каменного храма продолжалось 10 лет — до 1794 года.

Согласно документальным источникам, в 1844-1847 годах на средства приходских людей к зданию церкви святителя Иоанна Златоуста с северной стороны пристраивается тёплый придел во имя Боголюбской иконы Божией Матери.

В 1890 году вступил в должность церковный староста крестьянин Карашской волости деревни Баскача Иван Порфирьев Кожин. Благодаря его активной деятельности, в 1890-1896 годах в церкви святителя Иоанна Златоуста были проведены значительные строительные и ремонтные работы: увеличена площадь придела во имя Боголюбской иконы Божией Матери, устроены каменная паперть холодной церкви и каменный тамбур тёплой церкви.

На основании архивных материалов можно точно датировать изменения, произошедшие в храме: в 1892 году Боголюбская церковь была украшена настенными росписями, в 1893 году в ней позолочен иконостас, а в 1895 году устроен чугунный пол. В 1896 году позолочены паникадила.

Важным обстоятельством в характеристике социальной культуры прихода является то, что со времени построения каменного храма до 1922 года службу в нём совершали последовательно всего пять священников.

При священнике Михаиле Яковлеве, начавшем своё служение в одноимённой деревянной церкви, в 1784 году начали строить каменный храм.

В 1790 году его сменил священник Федор Козмин, служение которого продолжалось до 14 июня 1828 года — 33 года.

Почти столетие связано с родом священников Апеллесовых. «Пономарский сын» Василий Никифоров Апеллесов был рукоположен во священники церкви Иоанна Златоуста в селе Годеново 29 июля 1823 года, после успешного окончания Владимирской духовной семинарии. В течение 44 лет он окормлял его паству. За эти годы был отстроен тёплый придел, благоукрашен интерьер церкви.

Его сын, Александр Васильевич Апеллесов, после окончания Ярославской духовной семинарии был рукоположен во священники церкви святителя Иоанна Златоуста 8 июня 1867 года и прослужил здесь более полувека. В 1919 году, будучи 76-летним старцем, протоиерей Александр продолжал отстаивать интересы своего прихода, численность которого составляла более 2 000 человек. В 1922 году был арестован по обвинению в сопротивлении изъятию церковных ценностей.

В 1922 году в Годеново был назначен священник Алексей Александрович Голосов, который совершал богослужение в храме Иоанна Златоуста до своего ареста в 1930 году по обвинению в агитации крестьян против вступления в колхоз. Несмотря на арест настоятеля, храм в этот период оставался действующим.

В конце 1930-х — начале 1940-х годов в истории храма произошло знаменательное событие: сюда был перенесён из закрытого в феврале 1940 года Крестовоздвиженского храма Никольского погоста, что у Иисусова Креста, Животворящий Крест Господень — почитаемая святыня, явление которой произошло в XV веке в окрестностях Годеново. По преданию явление Креста Господня верующим произошло на месте, где ранее было Сахотское болото. Чудо свершилось 29 мая 1423 года, поблизости с Никольским кладбищем.

В советское время в храме Иоанна Златоуста продолжались богослужения, ненадолго прервавшиеся в конце 1930-х — начале 1940-х годов.

Согласно воспоминаниям местных жителей села Годеново и деревни Захарово, церковь хоть и была закрыта в эти годы, но ключи от неё находились у прихожан, имевших тем самым возможность молиться в храме.

С 1997 года по инициативе Переславль-Залесского Никольского женского монастыря в церкви святителя Иоанна Златоуста начались ремонтно-реставрационные работы: реставрация кирпичной кладки стен, ремонт глав и кровли, устройство отопления, установка столярных заполнений дверных и оконных проёмов, устройство полов в летнем и зимнем храме, устройство гидроизоляции. В 2005–2009 годах произведена реставрация иконостасов, станковой и настенной живописи; в 2002–2003 годах выполнена комплексная научная реставрация «Животворящего Креста Господня». Ремонт церковной ограды со Святыми воротами осуществлен в 2011–2012 годах. Благоустройство территории выполнено в 2014–2015 годах.

С 1999 года по настоящее время церковь святителя Иоанна Златоуста в селе Годеново является подворьем Никольского женского монастыря города Переславля-Залесского.

Церковь во имя святителя Иоанна Златоуста представляет собой характерный для местной архитектуры приходский храм, следующий традициям, сложившимся к последней четверти XVIII века. Композиция храма выстроена линейно, ориентирована по оси восток-запад. Главным объёмом является двусветный четверик, завершённый четырехскатной крышей с пятью главами: центральный барабан световой, боковые — глухие, разнесённые на самые углы. Храм имеет богатый архитектурный декор в традициях XVII века.

Архитектурно-художественное оформление интерьера основного храма в целом сохранило свои подлинные исторические формы.

Согласно храмовой летописи, сохранившейся на западной стене трапезной, настенная живопись выполнена масляными красками в 1859 году живописцем Алексеем Глебовым, поновлена в 1900–1903 годах Василием Кузнецовым и Николаем Морокуевым.

Исторический интерьер придела частично утрачен: не сохранилась монументальная живопись, придельный иконостас воссоздан в прежних формах в 2000-е годы.