О времени первоначального основания Ямской слободы в Переславле сведений не сохранилось. Город Переславль лежит на большой дороге, идущей от Москвы на север к Ростову, Ярославлю, Вологде и Архангельску. Тракт этот был оживлённый и, для сношений по государственным надобностям, непременно должны были устроиться на нём ямы в XV и XVI веках. Ямщики, которые обслуживали станции на тракте, обыкновенно селились компактно в ямских слободах. Впоследствии многие слободы стали отдельными селами или городскими окраинами. Некоторые из них сохранили в своих названиях напоминания об изначальной принадлежности. Даже на карте Москвы можно найти Николоямскую улицу, несколько Тверских-Ямских улиц и улицу Ямского Поля.

О существовании Ямской слободы в XVII столетии имеются уже несомненные свидетельства; по переписным книгам 1677 года в этой слободе было 70 дворов ямских охотников, 4 двора половинщиков, 1 двор приказчика, 1 двор ямского дьячка и 1 двор бобыльский. В 1708 году здесь было 73 двора. При императоре Петре Великом, когда были особенно оживлены сношения Переславля с Москвой, ямщикам пожалованы были особый пастбищные земли в разных местах.

Церковь в Ямской слободе существовала уже в начала XVII столетия, имела главный престол в честь «Пречистыя Богородицы Одигитрия» и платила в патриаршую казну «6 алтын, 5 денег и заезда гривну». В переписных книгах 1677 года об этой церкви сказано, что она была «деревяна клецки», что она имела ещё придел в честь святых Флора и Лавра, что построена она приходскими людьми того села; при ней в то время был поп Илья.

В 1683 году прихожанами была куплена в Переславском Федоровском монастыре готовая церковь, перевезена была в слободу, вновь устроена и освящена в 1685 году. Престолы в новой церкви устроены были в честь того же, что и в прежней церкви.

Эта деревянная церковь существовала в слободе до начала XIX столетия. В 1820 году вместо деревянной церкви, прихожанами построен существующий и доныне каменный храм с такою же колокольнею. В 1815 году местный священник Григорий Зверев обратился в епархию с прошением построить в Ямской слободе каменную церковь. Разрешение было получено. На строительство потребовалось пять лет. Летом 1820 года оно завершилось, 12 сентября того же года храм был освящён.

Престолов в ней два: в холодной в честь Смоленской иконы Божией Матери, в приделе тёплом во имя святых мучеников Флора и Лавра. В Смоленском храме всегда было два престола, традиционных для ямских слобод, Богородицы Одигитрии — Путеводительницы и покровителей коней — братьев-мучеников Флора и Лавра.

Утварью, ризницей, иконами и богослужебными книгами церковь была снабжена вполне достаточно. Из святых икон особенно чтима прихожанами древняя икона Пресвятой Богородицы Одигитрия: «на Богоматери и Предвечном Младенце венцы и цаты серебряные выволоченные, убрус жемчужный, риза по местам также низана жемчугом»; в придельном храме древняя икона Спаса Нерукотворного и Печерской иконы Божией Матери, украшены эти иконы также жемчугом. На других местных иконах украшения серебряные. Одни из святых сосудов серебряные приложены в храме няней Петра I Натальей Взимковой, впоследствии монахиней Федоровского монастыря. На одной из богослужебных книг, Октоихе, была надпись: «сию книгу Осмогласник на службу к церкви Смоленской Богородицы, что в Ямской слободе, дал сомолитвенник Иоанн Стрехин» 1709 года.

Вот какое описание этого храма есть в архивных документах за 1875 год: «Зданием каменная с таковой же колокольней, крепка, крыта железом, на ней крест железный вызолоченный, под крестом глава обшита белой английской жестью. Внутри церкви выштукатурено, выбелено и раскрашено живописью. Сама церковь обнесена каменной оградой».

В Ямской слободе с 1883 года была открыта земская народная школа; учащихся в 1893 году было 33.

К 1895 году в церкви хранились копии метрических книг с 1803 года, исповедные росписи с 1838 года.

В более поздней ведомости, за 1897 год, написано: «Ризницей, утварью и святыми иконами церковь снабжена вполне. Причта положено по штату: священник и псаломщик. Земли при сей церкви усадебной 3 десятины, пашенной — 22 десятины и сенокосной 3 десятины».

Из этих же документов мы узнаем, что священник проживал в небольшом деревянном доме, покрытым тесом и соломой, который перестроили из старого в 1877 году. Это был церковно-общественный дом. Псаломщик имел собственный дом. Оба строения находились на церковной земле.

Кроме церковного дома священника, к храму была приписана небольшая каменная сторожка, крытая железом, находившаяся при церкви. Также деревянная часовня в деревне Троицкой. По ведомостям того времени приход состоял из Ямской слободы и сельца Троицкого, расположенного в двух верстах от церкви. В них числилось 208 душ мужского пола и 277 женского, все православные.

В конце XIX столетия при Смоленском храме уже существовало кладбище «для погребения умерших на удобном и приличном для сего месте, обрыто рвом и ограждено загородью из жердей».

Как и многие другие церкви Переславля, Смоленский храм был закрыт в годы Советской власти, и с 1940 года богослужения там не проводились. Перед закрытием были расстреляны настоятель священник Николай Нуцков и священник Василий Малинин.

Храм пришёл в запустение. Были украдены иконы, разбиты лики святых, выбиты окна. Колокольня дала усадку и покрылась трещинами. К счастью, здание избежало полного разрушения.

Долгие годы храм использовался как подсобное помещение для всяких хозяйственных нужд. Ближе к 90-м годам колхоз развалился, храм стал никому не нужным. Под сводом храма вили гнёзда птицы, на месте кровли росли сорная трава и мелкая поросль. В таком состоянии впервые увидел этот храм священник Олег Колмаков в конце 90-х годов XX века, который в 2003 году стал настоятелем ямского храма. 10 августа 2003 года, в день Смоленской иконы Божией Матери, здесь была отслужена первая Божественная Литургия.

Переславская Ямская слобода является родиной местночтимого угодника Божия блаженного Михаила (Миши-Самуила). 8 марта 2009 года, на месте предполагаемого дома родителей праведника прихожанами ямского храма установлен поклонный крест.