В конце XVI века на правом берегу реки Волги стояла церковь Собора Богородицы и святых мучеников Флора и Лавра. Точная дата её постройки неизвестна, но она числилась ещё при княжеских конюшнях, в удельное время вынесенных из Кремля из-за недостатка места. Святые Флор и Лавр — покровители лошадей, поэтому понятно, почему данная церковь была при конюшнях. Да и сама улица, на которой находились конюшни и при них храм, называлась Конюшенной. Восточные врата Кремля, к которым приводили по ней лошадей ко князьям, назывались Флоровскими.

Храм пережил беды и потрясения Смутного времени, и в Писцовых книгах 1663 года мы видим всё ту же церковь при конюшнях. Она была деревянная с трапезною, шатровая, об одной главе.

В 1748-1762 годах на месте деревянного был воздвигнут каменный храм, построенный на средства прихожан, с освящёнными престолами Воскресения Христова и Собора Богородицы. Приделу Флора и Лавра места не нашлось, но память о нём всегда была жива, хранилась храмовая икона. До революции она упоминалась под названием либо Воскресенской, либо Воскресенско-Флоровской, и лишь в XX веке сменила имя и стала называться церковью Флора и Лавра. Церковь была примечательна отдельно стоящей колокольней, очень похожую на колокольню в Кремле.

В советское время церковь лишилась колокольни и была обезглавлена. В ней по очереди располагались различные учреждения, которые своими переустройствами здания только увеличивали урон.

С 2005 года началось восстановление храма. 9 октября 2008 года на четверике храма засияли пять новых куполов. В этот же год начались богослужения в нижнем храме, которые и продолжаются регулярно по сей день.