Богоявленский монастырь основан в конце XIV века женой Димитрия Донского — великой княгиней Евдокией, в иночестве Евфросиньей. Располагалась обитель в северо-западной части кремля.

В Богоявленском монастыре 20 ноября 1591 года была пострижена в инокини царица Мария Федоровна Нагая, мать царевича Димитрия. В то время обитель была деревянной и имела два храма — Богоявленский и Смоленский.

В 1609 году поляки сожгли монастырь, убив игумению Анастасию и пять сестёр. В 1629 году при участии инокини Марфы, матери царя Михаила Федоровича, монастырь восстанавливается на прежнем месте, она жаловала возрождённой обители деньги, села, пустыни, мельницы.

В 1661 году игумения Пелагия обратилась с просьбой к царю Алексею Михайловичу о перенесении построек монастыря на пустопорожние земли, принадлежавшие Ростовскому архиерейскому дому. Такое разрешение было получено. К 1670-м годам на новом месте уже стояли деревянные церкви: Богоявления Господня и иконы Божией Матери, именуемой «Страстная».

От удара молнии 26 сентября 1677 года сгорела деревянная церковь Богоявления. В 1689 году митрополит Ростовский Иона Сысоевич выдал грамоту на строительство нового, каменного храма. В 1700 году бригадой строителей из местных посадских людей возведена пятиглавая церковь Богоявления Господня — на подклете, с трапезной и колокольней. Главный престол был освящен в честь праздника Богоявления Господня; придельный — в честь Смоленской иконы Божией Матери. В подклете храма было освящено ещё два престола — во имя славных и всехвальных апостолов Иоанна Богослова и Андрея Первозванного; а в 1775 году — в честь Иоанна Милостивого и святителя Димитрия, митрополита Ростовского.

В 1846 году нижние престолы храма были упразднены и подклетные помещения заняты больницей.

В 1853 году, в связи с освящением нового Богоявленского собора, церковь Богоявления была упразднена. В 1854 году она переосвящена в честь Смоленской иконы Божией Матери.

Смоленский же придел бывшей Богоявленской церкви переустроен на средства угличского почётного гражданина Ивана Аркадьевича Зимина и освящён в честь Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня. В нём место храмовой иконы занял крест с частицей мощей более шестидесяти святых, в том числе и князя Димитрия. Был поновлен и интерьер основного храма — его стены и своды расписаны сценами с изображением чудес от Смоленской иконы Богоматери. Старый пятиярусный иконостас заменен новым, трехъярусным. С севера к паперти-галерее пристроено крыльцо.

Особенно почиталась в монастыре икона «Благовещение», написанная в 1696 году известным царским изографом Иоанном Матфеевичем Бобылевым.

В память Федоровской иконы Божией Матери, подаренной монастырю матерью царя Михаила Федоровича Романова — инокиней Марфой, 21 мая 1805 года была заложена одноимённая каменная пятиглавая однопрестольная церковь.

Строительство храма завершилось в 1818 году. В этом же году церковь была освящена. В 1822-1824 годах Тимофеем Медведевым расписан интерьер храма. Тогда же установлен иконостас в виде венца, поддерживаемого четырьмя колоннами.

В 1826-1837 годах с запада пристроена небольшая паперть и возвышающаяся над ней ярусная колокольня, в нижнем ярусе которого размещалась библиотека.

В 1862 году храм был поновлен, вместо старого иконостаса установлен новый, пятиярусный, стены расписаны изображениями чудес от Федоровской иконы Божией Матери. Живописные работы выполнены ярославским мещанином Егором Дьяконовым.

В 1890 году на заводе купца Оловянишникова заказан колокол в 500 пудов. Он был восьмым по счёту, и самым большим.

Строительство нового Богоявленского каменного собора по проекту Константина Андреевича Тона началось 19 октября 1843 года на земле, купленной монастырем у купца Григория Васильевича Буторина. В октябре 1853 года состоялось освящение трёх его престолов: Богоявления Господня; Толгской иконы Божией Матери; святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских чудотворца и Иоанна Милостивого. Пятиглавый, на подклете, собор был точной копией церкви святой Екатерины в Петербурге.

В 1870-е годы Дмитрий Григорьевич Буренин с сыном Павлом выполнил настенную роспись. В 1881 году храм был частично отремонтирован, а в 1904-1906 годах произведён капитальный ремонт. В подклете под алтарем Толгского престола была устроена часовня для хранения особо чтимой святыни храма — иконы Божией Матери «Недремлющее Око».

В Богоявленском соборе особенно почитались: список с чудотворного Толгского образа, пожертвованный обители в 1852 году московской купчихой Татьяной Степановной Будыниной; икона Николая Чудотворца, подаренная в том же году петербургским купцом Матвеем Тимофеевичем Бриховым; гробница с частичками мощей Иоанна Милостивого, пожертвованная в 1845 году помещиком Московской губернии Гаврилом Павловичем Головиным.

В 1887 году в одной из башен монастырской ограды освящена однопрестольная церковь во имя иконы Божией Матери, именуемой «Достойно есть», устроенная на средства благодетелей.

В 1930-х годах Богоявленский монастырь был закрыт, а его храмы использовались под складские помещения.

В 1970-1980-е годы в Смоленской и Федоровской церквах проведена реставрация под руководством архитектора Семёна Евгеньевича Новикова. Смоленский храм передан Угличскому историческо-художественному музею в 1976 году, Федоровский — в 1992 году.

В 2000 году Богоявленский собор передан Русской Православной Церкви.

На заседании Священного Синода Русской Православной Церкви от 6 октября 2010 года было принято решение об открытии Богоявленского женского монастыря. Настоятельницей была назначена игумения Антонина (Золотникова).